Međunarodna saradnja na naučnom polju može da se sagleda kroz učešće istraživača Fakulteta u međunarodnim projektima i boravak nastavnika i saradnika u renomiranim naučnoistraživačkim centrima u svetu.

Od 1960. godine, godine osnivanja Medicinskog fakulteta u Nišu, ovaj Fakultet, kao regionalni centar obrazovanja jugoistočne Srbije ostvario je, i dalje ostvaruje značajnu saradnju sa Medicinskim fakultetima širom zemlje, regiona, ali i inostranstva. Na osnovu dokumentacije prikupljene u vezi međunarodne saradnje Medicinskog fakulteta može se proceniti da se naučnoistraživački  i stručni rad intenzivno ostvaruje putem međunarodne i domaće saradnje.

Tokom 47 godina postojanja, nastavnici i saradnici Medicinskog fakulteta u Nišu uspešno su ostvarivali saradnju sa brojnim naučnoistraživačkim organizacijama, fakultetima i bolnicama u zemlji i inostranstvu u vidu različitih oblika usavršavanja. Do sada je 89 nastavnika i saradnika Medicinskog fakulteta u Nišu boravilo u inostranstvu na usavršavanju (od 2 nedelje do 1-og meseca), 144 je provelo od 1-og meseca do 6 meseci i 30 je provelo više od 6 meseci na usavršavanju, pri čemu su ostvarili značajnu međunarodnu saradnju (u vidu zajedničkih naučnih projekata, kroz predavanja, kroz istraživačku i edukativnu aktivnost). Takođe su značajnu saradnju naši nastavnici ostvarili i sa regionalnim centrima u zemlji: 56 nastavnika i saradnika je boravilo na institutima i fakultetima do mesec dana, 70  je provelo od 6 meseci do godinu dana na usavršavanju i 35 je više od 6 meseci boravilo u naučnoistraživačkim organizacijama u zemlji. Kao rezultat ove vrste saradnje proistekla je saradnja sa pojedinim eminentnim profesorima, stručnjacima u svojoj oblasti, koji su na listi viziting profesora Medicinskog fakulteta: Prof. dr Robin E. Leake, pro vice principal University of Glasgow; Prof. dr David J Kerr, Editor in cheaf Annals of Oncology, ESMO president 2008-2009; Prof. dr Nicholas Pavlidis, Ianine, Grčka, predsednik ESO za Balkan i Bliski istok; Prof. dr Charls Coombs, Head of Department, Imperial College, London, UK.

Od 2003. godine Medicinski fakultet uspešno sarađuje sa Međunarodnom organizacijom WUS fondacija, Austrija, kancelarija u Beogradu. U okviru ove saradnje do sada je 6 nastavnika Medicinskog fakulteta rukovodilo projektima koji su finansirani od strane WUS fondacije:

Posebno značajno mesto u međunarodnoj saradnji, Medicinski fakultet ostvaruje kao organizator "Evropske onkološke škole" pod rukovodstvom prof. dr Slađane Filipović. Do sada je ova škola organizovana u dva navrata: prvi put 2002. godine i ESO, Niš, "Advanced course – State of the Art - Prostate and Brest Cancer"; II ESO Niš, 2005, "Breast Cancer screening – Quality Issues in Detection and Diagnosis". Zahvaljujući dosadašnjoj uspešnoj organizaciji, Medicinski fakultet je i po treći put organizator "Evropske onkološke škole" pod nazivom "Advanced course – woman cancers" III ESO, Niš, 2009.

Ovako razvijena saradnja na temu onkologije rezultirala je saradnjom između Medicinskog fakulteta u Nišu i regionalnog Centra za onkološku prevenciju iz Firence, Italija (CSPO), pod rukovodstvom prof. dr Marka Roselija Del Turka, a pod nazivom "Breast Cancer screening in Western Balkan Countries", koja postoji od 2003. godine.

Medicinski fakultet u Nišu u cilju unapređenja naučnoistraživačkog rada i naučne misli i dalje ostvaruje međunarodnu saradnju. U toku je saradnja sa Univerzitetom u Sjedinjenim Američkim državama, država Mičigen, kroz projekat pod nazivom "Training and Research in Environmental Health in the Balkans" (TREHB) (Project Number 2D43 TW 000641) odobren od Forgarty International Center Nacionalnog Instituta za zdravlje za period od 01.05. 2007. do 31. 04. 2012, čiji je koordinator doc. dr Duška Kitić i ostvarena saradnja sa Shiga School of Medicine, Japan - koordinator prof. dr Vuka Katić.

Partnerstvo između Medicinskog fakulteta u Sofiji, Bugarska i Univerziteta u Nišu, Medicina i Stomatologija, koje je zaključeno 25. novembra 2005 godine, ima za cilj zajedničke aplikacije R&D programa Evropske zajednice, NATO, kao i regionalnih i bilatelarnih programa; kraće ili duže studijske boravke studenata, istraživača, i lekara u okviru obuke, usavršavanja ili razmene iskustava.

Od posebnog značaja za razvoj naučnoistraživačkog rada na Medicinskom fakultetu je ugovor sklopljen sa Medicinskim fakultetom iz Belgoroda, Rusija, kojim se planira dugoročna razmena istraživača, studenata poslediplomske nastave, kao i zajedničko učešće u unapređenju nauke, edukacije i kulture.

Kao rezultat međunarodne saradnje posebno treba istaći da je Medicinski fakultet u Nišu partner u tri TEMPUS projekta:

Učešće u TEMPUS projektima u velikoj meri mogu doprineti razvoju naučnoistraživačkog rada, poslediplomske nastave i obezbediti pristup i uvid u organizaciju, kako nastavnog tako i naučnoistraživačkog rada našim studentima, mlađim saradnicima i istraživačima.

Zahvaljujući intenzivnom radu i zalaganju nastavnika i saradnika Medicinskog fakulteta u planu je realizacija saradnje sa Univerzitetom u Geteborgu, prof. dr Jan Holmgren, direktor Departmana za Mikrobiologiju i Imunologiju, Univerziteta u Geteborgu, Švedska, u vidu priključenja Medicinskog fakulteta u Nišu kao partnera.

U planu je saradnja sa SSA INCOMAT konzorcijumom (Creating International Cooperation Team) na polju medicinskih biomaterijala, koji ima za cilj uključivanje našeg Fakulteta u projekat na temu Regenerativne Medicine, Tkivnog inženjeringa i Nanotehnologije, pod rukovodstvom prof. dr Ljiljane Kesić.