Uz finansijsku podršku Evropske unije (EU) i Saveta Evrope (SE),  Medicinski fakultet Univerziteta u Nišu je izabran za učešće u dvogodišnjem  projeku „Unapređenje sistema visokog obrazovanja u Srbiji“. Projekat je imao za cilj  da pomogne ustanovama visokog obrazovanja u Srbiji da postignu najznačajnije elemente i ishode Bolonjskog procesa. Od 5 prijavljenih visokoškolskih institucija samo je Medicinski fakultet Univerziteta u Nišu (MFUN) uspeo da preduzme sve potrebne korake da bi pristupio eksternoj evaluaciji.

Eksterna evaluacija je preudzeta tako da se fokusira na, s jedne strane, procese  koje osiguravaju kvalitet i, s druge strane, na metode kojima se potvrđuje postignuti stepen kvaliteta. Evaluacija nije imala za cilj da evaluira kvalitet nastave i/ili naučnog rada kao takvih, već da evaluira kvalitet upravljanja i organizacije nastave i naučnog rada kao fundamentalnih aspekata kvaliteta visokoškolske institucije.

Pre polaska za Srbiju, članovi tima su elektronskom poštom od koordinatora Tima za samovrednovanje (TSE) dobili iscrpan, informativan, složen i dobro prezentovan Izveštaj o samovrednovanju iz 2009, u formi dokumenta od 49 stranica. Ovaj izveštaj je  u suštini  koristio podake prikupljene za potrebe akreditacije MFUN, tokom samovrednovanja iz 2007. godine, ali uključuje i novu SWOT analizu Pozitivnih elemenata, Slabosti, Šansi i Pretnji, kao i listu akcionih smernica. Usvojen je na sednici Nastavno-naučnog veća, održanoj 20. oktobra 2009.

Tim eksternih eksperata je posetio Medicinski fakultet Univerziteta u Nišu u postupku eksterne evaluacije ove visokoškolske ustanove u periodu od 9. do 10. novembra 2009. godine, po unapred dogovorenoj proceduri.

Tokom posete MFUN, tim eksternih evaluatora je razgovarao sa preko 70 ljudi: sa dekanom Medicinskog fakulteta Univerziteta u Nišu, prodekanima, sa v.d. rektorom Univerziteta u Nišu, timom za samovrednovanje, članovima Nastavno-naučnog veća, predstavnicima Lekarske komore i predstavnicima Srpskog lekarskog društva, predstavnicima kliničkih predmeta, predstavnicima Centra za osiguranje kvaliteta, Centra za biomedicinska istraživanja, Centra za kontinuiranu medicinsku edukaciju, sa predstavnicima administrativnih radnika odgovarajućih tela i službi fakulteta, uključujući Sekretara fakulteta kao i sa predstavnicima Studentskog parlamenta, uključujući Studenta Prodekana i Predsednika parlamenta.

Nakon završene posete, članovi „review team-a“ su na osnovu Izveštaja o samovrednovanju MFUN i proučavanja dodatnih podataka, iz korišćenje vrlo značajnih informacija dobijenih putem intervjua,  načinili izveštaj o  evaluaciji “evaluation report“, koji su dostavili MFUN. Na sednici Nastavno-naučnog veća, održanoj 28.01.2010.god. usvojen je Izveštaj o eksternoj evaluaciji  MFUN i doneta odluka da se pristupi izradi akcionog plana koji će imati za cilj da očuva i unapredi kvalitet ove visokoškolske institucije. Rezultati eksterne evaluacije, kao i učinjene mere biće, takođe, značajna osnova  Komisiji za akreditaciju i proveru kvalitete R. Srbije u postupku ponovne akreditacije i/ili spoljašnje kontrole  Medicinskog fakulteta Univerziteta u Nišu.

U postupku usvajanja Izveštaja o međunarodnoj eksternoj evaluaciji, dekan MFUN se obratio članovima Nastavno-naučnog veća, rečima:

“Verujemo da su poseta i razgovor sa timom eksperata EUA u okviru eksterne evaluacije našeg Fakulteta, učinili da počnemo da na svim nivoima razmišljamo kolektivno o budućnosti i razvoju unutrašnje kulture kvaliteta Medicinskog fakulteta Univerziteta u Nišu.  Takođe, ova evaluacija, kao i naše iskustvo, trebalo bi da pomognu u oblikovanju nacionalne procedure obezbeđivanja kvaliteta i spoljašnje kontrole visokoškolskih institucija u Srbiji”.